7 בנובמבר 1938, נער יהודי צנום בן שבע עשרה, שוהה בלתי חוקי בצרפת, נכנס לשגרירות גרמניה בפריז ויורה שלושה כדורי אקדח בדיפלומט הגרמני ארנסט פום ראת.

אחרי יומיים פום ראט מת מפצעיו. ויוזף גבלס, שר התעמולה הנאצי, שולח את העם הגרמני לנקום את נקמתו בכל היהודים. יותר מאלף בתי כנסת נשרפים, מאות יהודים נרצחים או שולחים יד בנפשם, אלפי עסקים נבזזים, ועשרות אלפי גברים נשלחים למחנות ריכוז.

גבלס, אמן התעמולה, קורא לזה "ליל הבדולח".

"נער יהודי גאה" הוא מסע תיעודי רחב יריעה בעקבות סיפורו של המתנקש הרשל גרינשפן , הנער שהואשם על ידי יהודים באחריות לפוגרום שהתחיל את השואה ועל ידי הגרמנים כמי שהתחיל את מלחמת העולם השנייה.

באמצעות גילויים היסטוריים חדשים ,חומרי ארכיון נדירים, בני משפחה וחוקרים שחקרו את הפרשה, מביא הסרט לראשונה את הסיפור המלא, שעדיין לא סופר, אודות הנסיבות שהובילו להתנקשות, ואת השתלשלות האירועים הדרמטית בעקבותיה, סיפור לא מוכר שמגיע לשיאו בקרב מוחות בין גבלס, האיש השני הכי חזק במשטר הנאצי, לבין ה"נער היהודי העלוב" משכונת "הנחל" הידועה לשמצה, שלא הסכים לתת את הלחי השנייה.